Đảo hòn Chùa nằm ngoài khơi vùng biển Long Thuỷ, thuộc xã An Phú, TP.Tuy Hòa, tỉnh Phú Yên, cách bờ khoảng 7km. Hòn Chùa nằm trong cụm đảo hòn Dứa, hòn Than.
Khu vực quanh các đảo này có những rạn san hô có diện tích khoảng 100 ha...
Cảm nhận đầu tiên của du khách tới đây là hòn Chùa còn khá hoang sơ. Ngoài một số phi lao, bàng và dừa do người từ đất liền mang ra trồng, trên đảo chủ yếu là cây cối thuộc loại lùm bụi rậm và nhiều loại cỏ gai. Không khí ở nơi này thật trong lành với biển xanh và những đụn cát trắng thoai thoải đón gió lộng. Nếu bạn muốn tìm một nơi yên tĩnh để thư giãn hoặc du lịch lặn biển khám phá thì hòn Chùa đúng là nơi lý tưởng. Vùng đảo này có rạng san hô đẹp và rất nhiều hải sản tươi ngon như: cua, cá, tôm hùm